Betalningsvillkoren styrs efter två parametrar; dels vilket betalningsvillkor som finns angivet på den kund man vill fakturera, dels det betalningsvillkoret som finns angivet under faktureringsinställningarna.
När man skapar en ny faktura på en kund, kommer TimeApp i första hand att kontrollera om det finns något inställt betalningsvillkor på kunden. Om det finns angivet, så kommer detta att användas för att räkna ut förfallodatum på fakturan. Om det inte finns angivet, tittar TimeApp istället på det man angett under faktureringsinställningar.
Varje fakturamall har dessutom ett textfält där man kan ange betalningsvillkor, t ex "20 dagar netto". Denna ändras inte i oavsett det antal dagar man angett under betalningsvillkor på kunden eller i faktureringsinställningarna.